La APTA, vinculada al Departamento de Agricultura y Abastecimiento, tiene la misión de coordinar y gestionar las actividades de ciencia y tecnología dirigidas a la agroindustria. Su estructura comprende los Institutos Agronómico (IAC), Biológico (IB), Economía Agrícola (IEA), Pesca (IP), Tecnología de Alimentos (ITAL) y Zootecnia (IZ) y 15 Polos Regionales estratégicamente distribuidos en el Estado de São Paulo.

Las Instituciones de Investigación de APTA atienden la demanda tecnológica de las diversas cadenas productivas agroindustriales, utilizando su potencial para generar y transferir conocimiento, en una visión de desarrollo sustentable (foco de innovación con responsabilidad social y ambiental). Para ello, se apoyan en la formación profesional de sus investigadores y técnicos.
A través de su investigación y producción de bienes y servicios, las Instituciones APTA contribuyen al desarrollo regional, la innovación científica y tecnológica y el fortalecimiento de la economía basada en los agronegocios.